Похожая проблема у меня появилась при использовании батарейной рукоятки BG-E3 для D350. Не знаю кто виноват, может быть пальчиковые аккумы емкости 2700, которые не понимает аппарат или ручка батарейная глючит (если она может глючить в принципе) - не знаю причины, но склонен грешить на емкие аккумуляторы с которыми аппарат не понимает как замерять их емкость. Индикатор также показывает половину заряда, и только в самом конце, когда батареи почти разряжены, показывает "пустую" батарею.
Но с родным аккумулятором проблем нет и никогда не было.
Так что приходится прикидывать на сколько примерно хватает заряда либо на глаз, либо через индикатор на зарядке (не супер информативный тоже - трех ступенчатый).
Естественно перед отпуском или важным событие дозаряжаю батареи, плюс всегда ношу с собой родной аккумулятор.