У меня тоже была такая же проблема.
В асболютно случайный момент времени выскакивает ошибка err 99 ПОСЛЕ съемки кадра. И всё. Причем кадр записывается на флешку. Что я только не делал, и на форумах искал ответы и в сервис центр писал и звонил... Ничего. Связывался через местную фирму с московским сервис центром - думал они помогут - ответ был, что они ничем не могут помоч, даже за платно..Потому что err 99 - ЭТО ЗНАЧИТ ЧТО ОШИБКА МОЖЕТ БЫТЬ ХОТЬ В ЧЕМ УГОДНО! В любом элементе камеры, микропроцессоре каком-нибудь, софте.... И никак нельзя продиагностировать что не работает..по крайней мере за разумные усилия. Я и батарею и флешку и объектив менял и разные режимы делал, и перешивал и пр. пр. пр. Так и не справился с этой проблемой. На американских форумах она очень актуальна.... Где-то даже вычитал что 300D Rebel (а у меня была именно такая - серая Rebel) изначально глючна и у кэнона огромные возвраты по ней. Поэтому с Богом избавился от этой камеры (чего и Вам советую...) и взял 10D. Та работает, тьфу-тьфу-тьфу.
P.S. Я так исправлял ситуацию: включаю камеру - снимаю кадр, вылазиет err99, выключаю. Включаю - снова снимаю, снова выключаю =) Но это же не жизнь... Причем в совершенно случайный момент времени ошибка может не появляться! А потом снова - хлоп и всё..поехали. Да, опытным путем нашел как иногда можно от ошибки избавиться: нужно включить камеру и попытаться много раз наполовину надавить кнопку съемки.. что бы она пофукосировалась... А потом давить так давить и раз - снять кадр. И иногда бывало что снимет и ошибки нет.. ну думаю - можно жить 1-20 кадров .... вот два способа, но они - НЕ РЕШЕНИЕ.