Я так понимаю, есть 3 варианта.
1. Родной.
2. Vuescan
3. Silverfast.
Кому что больше нравится и почему?

SilverFast Forever
куча тонких настроек - использую его уже 8 лет
начиная с UMAX PowerLook II
Родной тоже вроде неплох - но тормозит

Какая именно версия сильверфаст? Меня смутило то. что как раз тонких настроек D Ice я не нашел :(

родной софт для nikon coolscan 5000 оочень не устраивает, на то всего одна причина - нельзя запомнить пользовательские настройки так чтобы они стали настройками по умолчанию, точнее запомнить-то можно, перед нажатием кнопочки скан каждый раз приходится вручную выбирать
а где бы посмотреть другие варианты?

Родной NikonScan 4, но с отключеной Nikon Color Management если для слайдов.
Сканер калиброван (профилирован) на Fuji Sensia/Astia/Provia и на Velvia 50 с помощью custom калибровочных 35мм мишеней под конкретные эмульсии и конкретным профайлером.
Тогда весьма точно получается цвет и оттенки на данных эмульсиях.
Сканы негатива (работаю только с Fuji Reala, NPS160, NPH400, Press 800) хорошо обрабатываются обычным NikonScan 4 с ихним color managementом.

Vuescan пробовал в свое время - весьма не понравился интерфейсом и результат сильно разочаровал (по сравнению с ожиданиями после востогов ит других юзеров), кроме того очень беден пленочными профилями, Fuji вообще почти отсутствует.